ZymCTRL (Enzyme Control) (см. препринт) — модель условного языка для генерации искусственных функциональных ферментов. Он был обучен на базе данных последовательностей UniProt, содержащей аннотации EC (Комиссия по ферментам), включающей более 37 M последовательностей. Учитывая заданный пользователем номер ферментативной комиссии (EC), модель генерирует белковые последовательности, которые выполняют эту каталитическую реакцию. Генерируемые последовательности упорядочены, глобулярны и далеки от природных, а их предполагаемые каталитические свойства соответствуют заданным пользователями. Если вы не знаете число ЕС интересующего вас белка, посмотрите, например, здесь: https://www.brenda-enzymes.org/ecexplorer.php?browser=1. Ниже приведена информация о модели, о том, как генерировать последовательности, а также о том, как сохранять и ранжировать их по степени недоумения. ZymCTRL основан на архитектуре CTRL Transformer (которая, в свою очередь, очень похожа на ChatGPT) и содержит 36 слоев с размерностью модели 1280, что в сумме составляет 738 миллионов параметров. ZymCTRL — это модель преобразователя, предназначенная только для декодера, предварительно обученная на подмножестве последовательностей ферментов Uniprot, всего 37 миллионов последовательностей. (версия от июля 2022 г.). Предварительное обучение проводилось на сырых последовательностях без FASTA…
Модальности:
Генерация текста
Области применения:
Биология
Задача: Генерация текста
Автор: AI4PD
Теги: gpt2, biology, text-generation-inference, endpoints_compatible
Лайков: 26 | Загрузок: 516
Описание основано на материалах HuggingFace. Перевод выполнен автоматически.
